Le email le puoi importare dove preferisci… e comunque le puoi eventualmente spostare dove vuoi in un secondo tempo.
I motivi del crash (che in Thunderbird è evento rarissimo) non li conosco: può essere un problema di Windows (RAM, antivirus, firewall, scheda video, ecc.), oppure possono essere troppo grandi le tue cartelle di posta, oppure puoi aver installato in Thunderbird qualche estensione problematica, oppure puoi avere qualche problemino nel profilo, oppure puoi aver usato programmi tipo CCleaner e simili, ecc. ecc.
Se i crash continuano, ti conviene creare un profilo nuovo… e magari reinstallare Thunderbird.
Per sicurezza, fai dei backup frequenti!!
Magari compatta la posta (operazione da effettuare frequentemente, soprattutto se si spostano spesso le email da una cartella all'altra), e prova a cancellare tutti gli indici (cioè i file .msf nella cartella Mail e nelle sue sottocartelle).
Thunderbird è un programma molto robusto: se si sta un po' attenti, di solito non ci sono grossi rischi!!