Un altro tentativo, le idee iniziano a scarseggiare...
Sempre da Thunderbird > Preferenze > Allegati: prova ad esempio con i file pdf o jpg.
Nella colonna delle azioni associate, se nel menu a discesa selezioni "Cancella azione" dovrebbe resettare l'azione associata per quel tipo di file.
Non ho mai provato ma credo che successivamente, in presenza di un allegato di quel tipo, ti venga chiesto nuovamente che azione o programma associare.
Mi piacerebbe che qualcuno più esperto mi desse conferma sulla validità o meno della procedura suggerita...