Buongiorno.
Kaspersky come altri antivirus è progettato per essere utilizzato (anche) con diversi programmi di posta elettronica, quindi non è "predisposto" per il solo Thunderbird e da qui potrebbe nascere il problema. Infatti non tutti i Client di posta utilizzano lo stesso sistema-formato di archiviazione, profondamente diversi uno dall'altro (qui una veloce spiegazione -> 
Maildir-Mbox), immagino quindi che gli antivirus li gestiscono-trattano tutti allo stesso modo. Leggendo l'articolo al link che ti messo trovi la risposta alla tua domanda. 
Poco fa cercavo una funzione in Tb e mi sono imbattuto in una opzione che non ricordavo. 
Alla scheda 
Sicurezza delle 
Preferenze (o forse 
Impostazioni per Windows 
 
 
), trovi la linguetta di una sottoscheda 
Antivirus, all'interno di questa scheda c'è la voce  "
Consenti ai programmi antivirus di mettere in quarantena i singoli messaggi in arrivo " con una casella per la spunta, ha la spunta questa casella?