offline-apps.allow_by_default, strano lo trovo presente anche in Firefox 34 e sempre con valore di default true (non avvisare l'utente).
browser.offline-apps.notify = true, malgrado l'apparenza non vuol dire che verrai avvisato sempre, il precedente parametro è stato creato proprio per bypassare questa impostazione.
dom.indexedDB.enabled = false, malgrado questa impostazione nel tuo caso è stato salvato qualcosa nella cartella indexedDB
. Verifica "di persona" se c'è del vero contenuto o trovi solo cartelle e/o file vuoti.
C'è da poco pure un altro parametro
dom.indexedDB.experimental dovrebbe valere false di default, verifica che sia così.
Firefox non ha limite sulla dimensione del database IndexedDB. C'è solo un avviso se un sito cerca di metterci un file più grande di 50MB. C'è però un parametro che permette di abbassare la soglia oltre la quale appare l'avviso
dom.indexedDB.warningQuota, cambiando il suddetto 50 con 0 l'avviso dovrebbe apparire sempre.
browser.cache.offline.enable, se vuoi disabilitare l'uso della cache offline (la classica cache offline, in quanto come visto ne sono nate altre di "cache" offline) metterei queso parametro a false. Bloccando a 0 byte la sua dimensione massima dovresti ottenere lo stesso risultato, ma potresti trovarti con diversi file e cartelle vuote oppure potrebbe esserci ogni volta un tentativo di salvare dati offline che fallisce per mancanza di spazio. Disabilitandola dovrebbe risultare un lavoro più pulito.