Te lo dico quando lo provo

[Edited]
A guardarlo sembra usi solo librerie standard, quindi basta che tu abbia Python installato (su Linux mi sembra sia incluso)
Secondo me lo potevano scrivere usando argparse che veniva più facile, comunque
optimizejars.py MODe logdir inputdir outputdir
MODe -> può essere --optimize o --deoptimize (il senso è chiaro)
logdir -> suppongo la cartella col log
inputdir la cartella coi file da comprimere
Errata corrige: la cartella coi file .jar (devono proprio avere estensione jar) da ottimizzare/deottimizzare a seconda del MODe scelto sopra.
outputdir la cartella dove mette il risultato e che suppongo poi basti comprimere come ZIP
Errata corrige: la cartella dove vengono messi i file JAR ottimizzati
Effettivamente l'ho provato e eseguendolo sul file omni.jar due volte (dettimizzandolo e riottimizzandolo) riottengo il file di partenza.
Però lo hanno scritto per funzionare con molti file e non sul singolo file.
Volendo si potrebbe modificare per funzionare con un solo file, altrimenti devi farti uno script bash (o batch dipende da dove sei) che faccia una roba del genere:
Pseudo code del file optjar.bat
@echo off
md tmpinput
md tmplog
md tmpoutput
move %1 tmpinput
optimizejars.py --optimize tmplog tmpinput tmpoutput
move tmpoutput\%1
rd tmpinput
rd tmpoutput
l'altro è uguale con deoptimize al posto di optimize.