Lo spam lo puoi mettere dove ti pare: io lo metto nel cestino delle cartelle locali mentre la posta la tengo fuori dalla cartella del profilo.
Il cestino delle cartelle locali lo svuoto automaticamente all'uscita ma prima uno sguardo veloce lo do sempre: rarissimo trovare un falso positivo, solitamente dura 1 giorno, massimo 2.
Diciamo che Thunderbird offre molte possibilità di configurazioni: ma sono quei particolari che non tocchi più per anni e che alla fine pensi siano impostazioni di default.
Oppure te le dimentichi perché gli anni passano (ma questo me lo ricordavo
)