A quanto pare c'è proprio una correlazione tra le due cose.
Probabilmente se vengono salvate in locale, Thunderbird riesce visualizzare il contenuto della mail, se invece l'opzione non è attiva Thunderbird vede solamente l'oggetto e qualche altra informazione. Può essere plausibile come cosa...
Comunque adesso ho provato a riabilitare la copia su PC e ho messo una regola su windows defender che non mi controlli la cartella del profilo di Thunderbird e per ora sembra andare tutto liscio senza rallentamenti. Ovviamente il filtro funziona. Ho provato anche a togliere la spunta ma il filtro "Oggetto" viene messo in grigio come se fosse non disponibile
Speriamo...