Mi intrometto a cose fatte solo per darti un consiglio che spero possa esserti utile in futuro:visto che usi anche Ubuntu,potresti usare rsync per eseguire backup incrementali dell'intera cartella del profilo anche ogni giorno:una volta fatto il primo in seguito si limita ad aggiungere solo i nuovi dati e cancellare i vecchi,per cui di solito i backup quotidiani sono veloci.
In realtà la seconda parte è opzionale,si potrebbe anche decidere di non cancellare i dati precedenti,ottenendo delle copie ridondanti,ma non l'ho mai provato e non so cosa potrebbe provocare in una cartella di posta con account multipli,credo una certa confusione.
Personalmente un backup del profilo lo faccio prima di ogni aggiornamento,non ci mette molto ed è una sicurezza in più.
Oppure usa questo
http://ftp.mozilla.org/pub/mozilla.org/utilities/profilemanager/1.0/,aggiungendo l'argomento
thunderbird alla riga di comando funziona perfettamente con Thunderbird.