Per Thunderbird non è un problema se usi lo stesso server smtp per tutti gli account.
Aggiusta manualmente la configurazione degli account: è "normale" che, se hai importato la configurazione da altro client, ti ritrovi con qualche "stranezza".
In particolare, devi sistemare i server smtp come preferisci account per account.
Se la password è "diversa", per Thunderbird è "diverso" anche il server.