Io preferisco l'aggiornamento "automatico", ma fai la disinstallazione completa?
Di solito disinstallo il programma conservando i profili.
In questo modo, pur mantenendo i profili, sono sicuro di
rigenerare ogni volta la cartella di installazione "centrale".
Eventuali problemi ai profili (in verità molto rari) li risolvo a parte…
Ad esempio, in passato ho avuto problemi con gli aggiornamenti di Lightning se contestuali all'aggiornamento di Thunderbird: in quel caso ho risolto disinstallando l'estensione prima di aggiornare (cioè "reinstallare") Thunderbird.
Cerco sempre di mettermi nelle condizioni più "sicure"… visto che un imprevisto può sempre capitare!!