Scusa Pierluis… Thunderbird (che uso da molti anni) non è "inaffidabile", anzi è secondo me uno dei client di posta più "affidabili" attualmente disponibili!!
Il problema è invece che, se
per qualunque motivo si corrompe l'archivio delle email, il programma non può poi far molto per recuperarle. Proprio per questo,
con qualunque programma di posta è buona norma effettuare backup frequenti della propria posta (operazione che su Thunderbird è particolarmente semplice).
Tornando al tuo caso, il fatto che la cancellazione degli indici abbia fatto
sparire i vecchi messaggi è purtroppo un brutto segno: può significare che la tua precedente "compattazione" ha rimosso irreversibilmente le vecchie email (e in questo caso la cancellazione degli indici si è limitata a prenderne atto)!!
Se in futuro ti capiterà qualcosa di simile, evita di compattare… e procedi sempre ad un backup immediato (prima di qualunque operazione).
Anche se ormai le speranze sono poche (in base a quello che riferisci), prova ad installare l'estensione
RecoverDeletedMessages: per usarla clicca col destro sulla cartella da ripristinare (se tu non avessi compattato, le speranze sarebbero molte di più!).
Se non risolvi, fai quest'ultimo tentativo.
Vai nel profilo, e controlla se l'archivio mbox (è il file senza estensione con lo stesso nome della cartella) è ancora abbastanza
grande da contenere le email sparite (che in tal caso sarebbero
corrotte, ma non
cancellate).
Se sì, scarica il programma
Mail Viewer, e prova ad aprire il file mbox (sperando che l'eventuale "corruzione" sia lieve). Se funziona, esporta tutte le email in formato .eml.