Ok, capito. In genere utilizzo il sempre primo percorso (Strumenti > Componenti aggiuntivi).
Chiudendo la scheda ci si trova nella finestra clone e non è possibile aprire la finestra delle opzioni perché già aperta;
Pur avendo la finestra di partenza, quella delle opzioni e sopra a tutte loro la nuova finestra "clone" + scheda componenti, se chiudo la scheda componenti
mi restano sempre tre finestre sovrapposte. La finestra "clone", sotto c'è quella Opzioni/Preferenze e sotto ancora la finestra originale.
Se però dalla finestra "clone" vado sul menu e faccio clic su Strumenti->Opzioni (nel mio caso Thunderbird > Preferenze) mi esce in primo piano la finestra Opzioni/Preferenze.
Io però non ho le finestre massimizzate e quindi la nuova finestra + scheda componenti mi si aprono leggermente discostate come da tua immagine, quindi me ne sono accorto.
Comunque, dopo tutto questo mio sproloquio, concordo che effettivamente il comportamento non è normale.