Brutta situazione!!
Nel profilo si è corrotto qualcosa (per "motivi misteriosi"), e questo ha comportato la duplicazione delle cartelle di posta (con conseguente nuovo download della posta).
Se si trattasse di POP3, ti consiglierei di cercare di "restaurare" il profilo.
Trattandosi però di IMAP, secondo me a questo punto ti conviene creare un profilo nuovo (nella posizione che desideri) e, dopo aver riconfigurato a mano gli account, risincronizzare tutto.
Anche se occorrerà parecchio tempo, mi sembra la soluzione più
sicura: con l'IMAP può bastare infatti un errore in locale per innescare un "disastro" sul server (con perdita di posta).
Per questo con l'IMAP mi sembra troppo pericoloso mettere le mani su un profilo ormai compromesso!!
P.S. 1
Provvisoriamente (cioè finché non avrai deciso cosa fare) per evitare il download automatico della posta puoi disattivare i vari "controlli automatici" in "Impostazioni server" (per ogni account).
P.S. 2
Potresti provare a cancellare tutti gli indici… ma non credo che risolveresti molto (e, come detto, con l'IMAP qualunque operazione su un profilo
deteriorato potrebbe portare ad un improvviso "disastro" anche a livello di server!).