Mi pare un problema di virtual machine, ma prova a fare questo,
A Thunderbird chiuso, previo backup, vai nella cartella del profilo -->Mail-->Account
Qui trovi gli archivi della posta.
Sposta il file [nome cartella].msf e riapri Thunderbird.
Vai nella cartella, aspetta che abbia ricreato il file di indici
(il tempo dipende dal numero delle mail) e vedi se risolvi.
Durante l'operazione, in basso dovresti vedere un avviso del tipo
Compilazione indici in corso (Scusa se non sono più preciso)