Non devi scegliere di importare dal formato mbox, ma dal formato eml.
Ti consiglio di scegliere l'opzione "Importa tutti i file eml da una directory", comprendendo anche le sottocartelle e scegliendo la directory in cui sono i messaggi su WindowsMail.
Se non sai qual è, prova a cercare nel forum qualche thread sull'argomento, non usando quel programma non so aiutarti su questo.