Direi di procedere per gradi.
Per tutto quello che ti suggerisco e che non conosci, consulta la sezione FAQ che spiega molto bene tutto. È inutile appesantire la lettura con spiegazioni superflue facilmente reperibili sul nostro Forum.
1) Fai una copia della tua posta, tutta, a programma chiuso.
2) Apri Thunderbird e compatta le cartelle.
3) Confronta adesso le due cartelle di posta: quella compattata e quella originaria, non compattata.
Se non hai mai compattato, le dimensioni della tua cartella attuale dovrebbero essere molto inferiori a quella originaria, se ti va bene così possiamo fermarci oppure proseguire nell'applicare altre soluzioni (spostamento della posta non necessaria in una cartella da ripristinare in seguito, infine uso massiccio di ImportExportTools).