Per quanto riguarda il crash puoi sempre tornare indietro con la cartella di backup del profilo, sostituendola all'originale.
Per le cartelle che si ricreano assicurati che non siano utilizzate dal client come predefinite; per fare questo, devi temporaneamente assegnare altre cartelle: ad esempio se è il cestino imposta temporaneamente un'altra cartella per le mail eliminate, poi cancelli il cestino e successivamente reimposti (è solo un esempio ovviamente). Sto parlando di eliminarle da TB e non da finder, poi da finder elimini manualmente i riferimenti di quelle cartelle nella cartella del profilo solo dopo aver chiuso TB (bada bene chiuso, non ridotto a icona) .
Ho avuto praticamente gli stessi problemi e ho risolto come nella discussione che ti ho linkato prima.
Se non risolvi nemmeno così cedo la parola ai più esperti.