Prima ditutto fai un backup delle cartelle.
Poi, come prima prova, seleziona una cartella in TB e con il tasto destro seleziona proprietà - ripara.
Con l'add on remove duplicate messages mi era già capitato che facesse alcuni casini....
NON procedere con la compattazione, altrimenti rischi casini...
Solo dopo aver ricostruito l'inndice .msf, se è tutto ok, puoi procedere con la compattazione