Ma non è che per caso qualche antivirus/antispam ha fatto casino?
Io posso rispondere solo per quanto riguarda il mio uso.
Sono appoggiato su Register, con circa una quindicina di caselle mail che fino a 2 mesi fa erano in POP3 su un profilo condiviso sun un server
Poi per esigenze interne (principalmente l'impossibilita di accedere alla posta es eper caso qualcuno la stava usnado) ho migrato il tutto in IMAP prima dell'uscita di Supernova (che sto ancora testando con vari profili di prova, in parallelo alla versione 112)
Il tutto gira su una decina di pc e finora, a parte i problemi delle configurazioni delle estensioni (che comunque si stanno risolvendo con alcune soluzioni indicate proprio su questo forum) non si è mai verificata la perdita di mail
Ad oggi, che io sappia, il programma di testa sua non cancella le mail a meno che qualcuno non glielo dica espressamente.
Comunque sia ho una macchina con TB configurata con IMAP con tutti gli account che 2 volte al giorno lancia TB per 15 minuti (in modo da allineare il contenuto di tutte le caselle) e, all'uscita, esegue in automatico un primo backup del profilo ed un secondo con il contenuto esclusivo della cartella ImapMail, che viene archiviato (sono memorizzati gli ultimi 15 giorni) in modo da poter recuperare eventuali mail cancellate.
Inoltre Register ha un sistema che permette il recupero delle caselle di posta elettronica da un suo backup accessibile dal pannello di controllo.