Io intendo la password (che avevo impostato io) che Thunderbird mi chiede prima di accedere alle mie mail...
Thunderbird non ha una funzione per proteggere l'archivio con una password. Per cui se per accedere all'archivio dovevi fornire una password, evidentemente stai usando qualche componente aggiuntivo.
La master password a cui si riferiva miki64 ti viene chiesta quando Thunderbird prova a collegarsi al server di posta.
Sono due cose diverse, per cui dovresti chiarire a quale dei due casi ti riferisci.
Per il resto la procedura corretta te l'ha già descritta miki64. Aggiungo solo che se stai passando da una versione molto vecchia all'ultima, potresti non riuscire a fare la migrazione.