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Questo non deve succedere, e personalmente non mi è mai successo. Piuttosto devi considerare che quello che hai sul tuo pc non è un prodotto di Mozilla, ma è la versione fornita dalla tua distribuzione.
Cambia poco a livello pratico. Non credo che gli sviluppatori della distro mettano mano al codice di programmi esterni.
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Capita che varie distribuzioni (Debian, Ubuntu, probabilmente anche Mint e derivate) contengano delle modifiche a diversi programmi come il backport di modifiche presenti in versioni successive (ove la licenza lo consenta).
Le uniche condizioni per i software protetti da licenze GPL o analoghe è che non venga modificata la licenza e che le modifiche (spesso patch sviluppate dagli stessi autori) vengano rese disponibili.
Inoltre i programmi possono presentare “impostazioni personalizzate” o particolari configurazioni inserite già nella distribuzione (ove la licenza lo consenta).
Io ho adoperato Ubuntu,
Slackware pardon OpenSuse, Linux Mint (sia la versione basata su Ubuntu sia la LMDE) e ora adopero Debian e utilizzo sia le versioni incluse nei repository sia quelle fornite da Mozilla.
Aggiornare un programma, indipendentemente da quale sia il canale attraverso il quale il procedimento avviene, richiede attenzione e ricordo che in più di una occasione Mozilla ha avvisato tramite le note di rilascio se il profilo aperto con una versione del Thunderbird non può aperto con versioni precedenti del programma.
Aggiungiamoci che, tranne i casi di gravi vulnerabilità e falle 0day, non è strettamente indispensabile aggiornare i programmi al Day One del rilascio dell'aggiornamento, giusto per avere il tempo di procedere correttamente.
Con tutto il dovuto rispetto io posso convenire sul fatto che sia prioritario adoperare il computer per quelle che sono le mansioni a cui è finalizzato, ma questo non esclude l'importanza di conoscere gli strumenti che si adoperano e di informarsi in fase di aggiornamento.
A pro, a proposito, parli di Thunderbird 91.5.0 o di Thunderbird 95 beta?