Buonasera.
Non vorrei sbagliarmi, ma il formato EML di provenienza (e proprietà?) Windows è equivalente +/- a grandi spanne al Maildir di Thunderbird (ancora sperimentale a quanto so). Se non si è impostato subito come tipo di formato all'avvio di un nuovo account, Thunderbird di default utilizza Mbox, e non è così facile e sopratutto sicuro convertire quel formato in Mbox.
Ci sono dei programmi (che se non ricordo male però funzionano solo con Linux) per fare quel tipo di conversione ma la certezza del risultato è tutto da scoprire. Ricordo vagamente di questa possibilità di modifica perchè mi ero già imbattuto in una situazione simile con un utente che poi ha rinunciato per non rischiare di compromettere molte mail di lavoro. Alla fine ha preferito tenersi l'archivio zeppo di problemi (dovuti principalmente ai soliti "ignoti" e colleghi dal clic "facile" su ogni mail) e crearsi un nuovo profilo pulito ripartendo dalla X data. Certo, non è la soluzione migliore specialmente se si hanno anni di mail di lavoro ma l'alternativa è tentare con tutti i rischi connessi.
Sarebbe utile sapere che tipo di formato risulta impostato nelle Preferenze (o Impostazioni) -> scheda Avanzate-> sottoscheda Generale, alla voce Impostazioni avanzate -> Modalità di salvataggio dei messaggi per i nuovi account: se il file mbox oppure maildir.
Si potrebbe tentare come suggerito da @Winfox, previo l'ovvio e scontato backup del Profilo, creare una cartella ad hoc in Cartelle locali e impostare (forse è meglio dire "forzare") il formato Mbox (immagino che ora alla voce sopra sia indicato Maildir), e poi spostare alcune mail di prova con l'apposita funzione (non con copia semplice!!!!).
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