Allora è dimostrato che aggiorno molto poco.
Per provare maildir l'ho abilitato come predefinito per i nuovi account, salvato le e-mail di un account poco importante, cancellato l'account e ricreato.
Effettivamente le e-mail vengono salvate una separata dall'altra: fantastico!.
Grossomodo cartelle e sottocartelle mi ricordano quelle di imap. LocalFolders è ancora in formato mbox e non si può convertire, ma forse è meglio così, visto che il supporto non è ufficialmente stabile.
Sono felice ma aspetto qualche settimana prima di ballare in mezzo alla strada.
EDIT del 16.08.2018:
Seguendo questi link:
ora è stabile la nuova archiviazione "maildir"[RISOLTO]Cambiare modalità di salvataggio dei messaggi thunderbirdTo activate Maildir in ThunderbirdE modificando nella configurazione avanzata di thunderbird l'account di "Local Folders" adesso anche le e-mail dentro "Local Folders" sono suddivise in singoli file.
Per adesso non è esploso niente, neanche applicando un paio di filtri, vediamo quanto dura.