Buongiorno.
Utilizzi POP3, immagino che hai impostato di cancellare le mail dal server del provider dopo aver scaricato le mail, se è così, temo che non sia possibile recuperare proprio nulla, però prima consideriamo altre possibilità.
Qual'è la posizione esatta della sotto-cartella, nell'albero principale dell'account o in quello delle Cartelle locali?
Semplificando, le mail compattate non esistono più, la compattazione serve per riordinare i file delle mail che hai eliminato ripulendo tutto ciò che è rimasto ad occupare spazio e a riorganizzare l'indice, quindi dalla compattazione non recuperi nulla. Una piccola annotazione personale: dopo moltissimi anni che uso TB (dalle primissime versioni) compattando le cartelle NON ho mai perso una mail, mi è pertanto difficile pensare che sia il responsabile di questa sparizione.
Non voglio additare nessuno come responsabile, ma Avast (che ho utilizzato anch'io) non sarebbe la prima volta che si comporta in modo inaspettato (se fai una ricerca trovi diverse discussioni in merito), per questo ti suggerivo di controllare nella quarantena o comunque di provare a disattivarlo per poco, riavviare TB, e verificare nuovamente.
Remove duplicate messages non era attivo: serve solo per fronteggiare un probleme frequente di thunderbird che è la duplicazione di messaggi uguali.
Come già scritto non conosco questa estensione, non vorrei mai che nonostante sia disattivata lavori ancora, magari parzialmente e con impostazione tutte sue. La duplicazione dei messaggi non è un
problema di TB, e neppure frequente, sovente il problema è dovuto ad altro ma non è questo l'argomento attuale.