Non c'è una spiegazione logica per quello che chiedi, perché Firefox si deve aggiornare mantenendo tutti i dati precedentemente memorizzati all'interno del suo profilo, ma ci possono essere alcuni "bastoni tra le ruote" che neanche noi conosciamo. Programmi di terze parti, antivirus, ecc. che talvolta interferiscono nel normale passaggio di versione, persino l'aggiornamento di Windows 10 qualche volta ha giocato brutti scherzi (in giro per il web ci sono diverse testimonianze in merito).
Qui trovi una precedente discussione in merito dove si è poi parlato di recupero dati:
https://forum.mozillaitalia.org/index.php?topic=69502.0Se i file non si trovano più all'interno della cartella profilo, non c'è molto altro da fare.
Quello che noi caldamente consigliamo è di effettuare backup del profilo o per lo meno dei file vitali (sessione, password, segnalibri, ecc.).