Sì, puoi tornare indietro
Thunderbird > Strumenti > Opzioni > Avanzate > clic sul pulsante "Editor di configurazione..." > Accetta i rischi > copia/incolla
mail.warn_on_shift_delete nel campo Cerca.
Se la preferenza è in grassetto, significa che è stata modificata e il suo valore dovrebbe essere adesso su "false".
Fai doppio clic sulla stringa della preferenza e il valore torna al predefinito "true". Chiudi l'editor e le opzioni e prova. Dovrebbe ricomparirti la richiesta all'eliminazione dei messaggi.