Scrivo questo post di chiusura per far conoscere a tutti come ho risolto il problema.
Purtroppo gli script consigliati da Klades non mi sono stati di aiuto non essendo io un buon programmatore unix ho provato a compilarli, a scaricare l'emulatore, ma una volta non mi trovava la libreria UNIX, un'altra non mi trovava quella DOS.. alla fino ho dovuto arrendermi.
Tramite l'estensione di TB " import export tools" ho esportato singolarmente per ogni cartella tutti i messaggi in essa contenuti come files *.eml. Dopodiché ho ricostruito la struttura cartella nel Finder (esplora risorse) inserendo per ciascuna cartella i messaggi originari e tramite "Importa Caselle" di Mail App ho importato la cartella principale e tutto è andato a posto. Nessuna perdita. Il lavoro è un po' laborioso e usa molte risorse del Mac, per cui consiglio di farlo a step e non importare più di 2/3000 files ogni volta.
Buona giornata