Non è molto chiaro, ma credo che tu abbia utilizzato il protocollo IMAP, giusto?
A questo punto, crea lo stesso account ma con protocollo POP3.
Partirà lo scaricamento delle email sul disco locale.
Al termine, potrai creare le sottocartelle e spostare la posta in maniera ordinata.
Infine, dal tuo account IMAP, potrai cancellare tutta la posta che è sul server.
Se non sei sicuro, chiedi prima di procedere.