Sono su un Mac quindi potrei sbagliare percorso/suggerimento per Windows...
Se da Thunderbird vai al menu Strumenti > Opzioni > Avanzate > Generale, nella sezione "Integrazione col sistema" controlla se è selezionata la casella "Permetti alla ricerca di Windows di cercare nei messaggi" (o simile, su Mac è "Permetti a Spotlight di cercare nei messaggi").