Buongiorno.
Beh, in linea di massima direi proprio che non ci sono problemi nell'archiviare manualmente le mail suddivise per anno e eventualmente anche tra arrivate e inviate.
Dove vorresti archiviare queste mail, in Cartelle Locali? Hai già creato delle Cartelle apposite?
Se è un account Imap devi però prima scaricarle.