Uhm.
Hai qualche estensione che gestisce i segnalibri?
Comunque io farei una prova del genere: esporterei i segnalibri nel formato HTML, sposterei il file places.sqlite in un'altra directory e importerei il solo file HTML, in modo da "azzerare" il file spostato in precedenza. Poi proverei a cancellare qualche segnalibro dalla Libreria (CTRL+MAIUSC+B).