Stai parlando della ricerca indicizzata, penso di aver capito.
Qualcosa di simile è capitato anche a me, la soluzione potrebbe essere ricostruire gli indici di questo tipo di ricerca:
https://support.mozilla.org/it/kb/rebuilding-global-databaseSteps to Rebuild the Global Database
Quit Thunderbird.
Locate the global-messages-db.sqlite file in your Thunderbird Profile .
Delete the global-messages-db.sqlite file.
Start Thunderbird. The re-indexing process will start automatically. Depending on the number of messages, it might take some time for the indexing to complete. You can continue to use Thunderbird, but performance might be affected and search will return only partial results or even no results until the indexing is complete. The indexing progress can be monitored through the Tools | Activity Manager menu.
In poche parole,
dopo aver fatto un backup del profilo, chiudere Thunderbird e cancellare il file
global-messages-db.sqlite all'interno della cartella del profilo.
Al riavvio Thunderbird lo ricrea automaticamente, ma non sarà funzionale finchè il processo di re-indicizzazione sarà terminato -il che potrebbe richiedere anche molto tempo se ci sono molte mail.