AHAHAHAH ok trovato!! stupido quanto funzionante! Lo scrivo per tutti coloro che dovessero avere il mio stesso problema.
SOLUZIONE:
Creiamo in una directory la struttura degli accounts di cui vogliamo copiare le emails.
es:
/home/documents/pippo/account1
/home/documents/pippo/account2
in entrambi creiamo le directories in cui vogliamo copiare le emails.
es:
in account1:
inbox
sent
in account2:
inbox
sent
templates
dopodiché andiamo in thunderbird nell'account1 in inbox, selezioniamo tutte le emails e col tasto destro del mouse clicchiamo su "save as" e diamo il percorso corrispondente in locale.
Il gioco è fatto.
Certo, in realtà non risolve la mia curiosità di partenza: ovvero meccanizzare questo processo e renderlo periodico ed incrementale. Ma almeno manualmente ho trovato come si fa. Magari si può creare uno script in bash/perl che effettua questo, non so. mi farò un giro nei forum di ubuntu per vedere.
Grazie cmq a tutti coloro che m'hanno aiutato nell'impresa