Risolto:
1. chiuso thunderbird
2. nella cartella del profilo ho rinominato la cartella global-messages-db.sqlite-journal
3. sempre nella stessa ho rinominato global-message-db.sqlite
4. aperto thunderbird e, magia, ha effettuato la ricostruzione degli indici (visibile in Strumenti/registro attività)
Ora funziona correttamente!