È possibile, ma non è consigliabile: è sempre meglio evitare di mettere le mani direttamente sui file del profilo (se non si sa esattamente quello che si sta facendo).
Al minimo errore il rischio di "disastro" sarebbe molto alto (e a volte irreversibile).
In questo caso è molto più semplice ed affidabile agire tramite l'interfaccia grafica di Thunderbird: crei una "cartella di lavoro" in Cartelle Locali, dove potrai copiare/spostare tutte le email (o addirittura le intere cartelle di posta) dell'account da rimuovere. In seguito potrai comodamente riorganizzare quelle email/cartelle come preferisci (magari spostandole in altre cartelle secondo le tue esigenze).
In questo modo Thunderbird "aggiusterà" automaticamente tutti i file mbox coinvolti (e non ci saranno rischi).
P.S.
Se invece vuoi archiviare all'esterno le email di quell'account, ti conviene procedere tramite l'estensione ImportExportTools… ma quello è un altro discorso.
Anche in questo caso ti converrebbe però portare tutto su Cartelle Locali prima di procedere (visto che hai detto che vuoi/devi rimuovere l'account).