Mi pare di aver capito che il problema ti si manifesta con la "ricerca filtrata" (
Ctrl+Shift+F) e magari anche con la "barra di ricerca rapida" (
Ctrl+Shift+K, che comunque funziona come la "ricerca filtrata").
Le ricerche "erronee" si verificano sempre nella stessa cartella di posta oppure in più cartelle?
In particolare, le email trovate per errore sono realmente esistenti (anche se "errate")?
Oppure non esistono (ad esempio perché sono state cancellate o spostate in altra cartella)?
Sei sicuro di aver compattato tutte le cartelle?
Magari installa l'estensione
ShowFolderSize (che, tra le altre cose, ti consente di verificare lo spazio che è possibile liberare tramite compattazione).
Non è che di recente hai usato "programmi esterni" all'interno del profilo di Thunderbird (tipo
CCleaner e simili)?
Il problema si manifesta anche avviando Thunderbird in
safe-mode?