Diciamo che ho risolto con entrambi i metodi.
Prima ho provato con la proposta di variare " mailnews.display.show_all_body_parts_menu", con successo e poi reinstallando TB 3.x.
Ora ho notato che con queste modifice vedo qualunque attachment come allegato, anche quello che dovrebbe essere considerato ricevuta di ritorno.
Inoltre non ho trovato il modo per fare ricontrollare a thunderbird la presenza reale degli allegati, nel senso che vorrei che la graffetta apparisse solo sui messaggi con allegati, e che non comparisse con i messaggi senza allegati (ma con ricevuta di ritorno), esiste una sorta di funzione di refresh (tipo F5 di Windows per intenderci)?
Comunque secondo me il bug è il 701261, visto che non riguarda solo i pdf, ma è una cosa generalizzata, infatti ho anche cambiato il titolo del thread.