Sono arrivato tardi per tardi una mano e sono contento che comunque tu abbia risolto.
Il problema è dunque nato dal fatto che Thunderbird (FreePOPS) ti scarica una marea di nuovi messaggi doppi oppure una marea di vecchi messaggi doppi?
Questa cosa non mi è chiara, ma nel secondo caso potremmo inventarci un filtro che ti spedisca le mail vecchie riscaricate direttamente nel Cestino.
[Come ben sai, utilizzo un account di Virgilio e FreePOPs solo per prova, non ho la Global Inbox ma soprattutto il mio consiglio è sempre quello di non utilizzare più fornitori con limitazioni, ma comprendo che professionalmente non ti è possibile farlo, michro]