Io sono paro paro per "le cose brutali", quando cerco un file uso tracker (analizza e indicizza il contenuto dei file, e quando cerchi, ti mostra quali file *contengono* la determinata occorrenza di un termine e la loro posizione nel filesystem. Abbastanza esigente in termini di risorse, ma necessario quando ti ritrovi a maneggiare una milionata di files. Permette anche di taggare i file. E ha un tool a riga di comando per cercare rapidamente tra i tag. Poco utile alla tua ricerca, in quanto ti permette solo di trovare un file contenente un dato termine, ma non le occorrenze) oppure locate da shell (stesso discorso di tracker, ma si basa esclusivamente sol nome file).
Grep rimane un ottimo tool, in quanto mentre cerca all'interno di un file, ti fa vedere l'intera riga dell'occorrenza. I punti deboli sono che anche qui non hai un "hit count", e soprattutto, il risultato viene mostrato come testo grezzo.
Searchmonkey è un'altro pacchetto utile (non so se Fedora ce l'ha) è una gui per grep che *non* ovvia al fatto che i risultati vengano mostrati in solo testo, però, se non ricordo male, fornisce un conteggio delle parole trovate.
E' sempre un cavolo di casino maneggiare a livello editoriale un documento in pdf :3
A meno che (ma qui dovresti chiedere ad un esperto di Openoffice) in Writer tu non riesca ad avere una funzone di ricerca simile.
Mi spiace anche dirti che questo campo è clamorosamente offtopic rispetto allo scopo di questo forum: dopo questa breve divagazione, posso solo consigliarti di chiedere aiuto sul come realizzare la tua ricerca nei pdf sui forum di fedora, o su un forum linux più generalista.
REsta comunque valido e sempre aperto il supporto per la prima questione di questo topic, ossia rendere Evince predefinito in Thunderbird.