Bene, ciò significa che il problema si verifica, non solo con un installazione ex novo, ma anche con un profilo fresco.
Fossi in te, attenderei un po' per avere la certezza che i lavori di manutenzione (magari riguardanti il server IMAP), siano conclusi. Se il disagio prosegue applicherei il consiglio che ti ha dato miki64. Oltre ad aver superato i 4 Gb come soglia consigliata per le cartelle di Thunderbird, saresti comunque vicino anche al limite massimo di Gmail... o sbaglio?