Preventivamente, suddividere la posta in più sottocartelle :/
Siccome ogni cartella è un file fisico a se su disco, suddividere la posta in più cartelle equivale a suddividerla in più file, impedendo a Thunderbird di "tracimare" il limite fisico delle stesse, e rendendo al tempo stesso le ricerche più veloci.
Dopo qualche tempo che la rotellina gira, la situazione si stabilizza, e riesci a muovere la posta in sottocartelle?