Quando riattivi un estensione dopo averla disattivata, ritrovi le impostazioni della stessa, così come le avevi lasciate. La disattivazione ti serve per mettere in stand by una o più estensioni, in maniera che non interagiscano col browser, senza modificarle in alcun modo.
Un consiglio che ti do, è quello di usare FEBE. Questa estensione ti da la possibilità di fare il backup di tutte le estensioni installate; se dovessi avere qualche problema con ff e fosti costretto a reinstallarlo o semplicamente a ripristinare uno stato di ff funzionante, usando FEBE, potresti ricaricare tutte le estensioni che avevi, impostazioni personalizzate comprese, in un istante.
Io FEBE la uso da anni, e spesso mi è servita.
Ciao.