Quella struttura, in termini di file, corrisponde a questa:
Sent (file non vuoto)
Sent.sbd (cartella)
Personali (file vuoto, 0kb)
Personali.sbd (Cartella)
Cartella1 (file non vuoto)
Cartella2 (file non vuoto)
Cartella3 (file non vuoto)
Se viene cancellato il file di nome "Personali", tutte le sue sottocartelle spariscono da Thunderbird pur continuando a esistere fisicamente.
Questo spiega perché quando vai a ricreare, per esempio, "Cartella3" ti viene il messaggio "la sotto cartella esiste già, rinominare" o qcosa del genere.
Già l'altra volta, ho notato che - per qualche motivo - nel tuo profilo vengono cancellati tutti i file vuoti, con le nefaste conseguenze che seguono.
Escludo nel modo più assoluto che possa essere Thunderbird; potrebbe però essere qualche "simpatico" programma di pulizia del disco o simili.
Intanto che scopri il programma colpevole, a scanso di equivoci, fai così: evita di avere cartelle vuote in Thunderbird, basta che ci metti dentro un messaggio fittizio anche di due parole. Sono abbastanza sicuro che non avrai più sparizione di cartelle.