Virgilio te lo puoi dimenticare, non è colpa di Thunderbird, Virgilio concede l'accesso via POP3 ai soli utenti Telecom e affiliati.
Se vuoi scaricare la posta con un client desktop, come Thunderbird, prova a vedere se Freepops supporta Virgilio, oppure rassegnati a controllare la posta dalla webmail.
Come detto il problema non è del software ma dipende dalle condizioni contrattuali del servizio di posta, quindi per eventuali lamentele scrivi direttamente a Virgilio.
PS: consiglio personale,: fatti un account con Gmail o Yahoo! e lascia perdere quelli offerti dai provider italiani, altrimenti rivolgiti a un servizio a pagamento,.