Ahh, inizio a capire
Quando in una email trovi il testo del messaggio in formato html allegato, è perchè l'utente ha scelto di spedire il messaggio *sia in html che in testo piano*.
Dunque, io credo di avere una gabuletta sottomano, ma non sono sicuro che faccia al caso tuo, in quanto salva i messaggi in un unico file html, con gli allegati linkati al suo interno e salvati in una cartella a parte.
Io per ottenere archivi delle mailing list divertenti che seguo (e che in un anno vanno ad intasare un bel po' Thunderbird - una mail al giorno con più immagini alla fine dell'anno fa una bella cartella cicciotta) uso
Mbox2xml (te l'ho linkato su softpedia perchè il loro sito sembra offline in parte)
Prima esporti la cartella singola che vuoi archiviare con importexporttools, poi la dai in pasto a quel software.
Crea un file xml che può essere aperto in qualsiasi browser, e ti mostra le email in un comodo indice ricercabile, e nel corpo di ogni email, sono linkati tutti gli allegati
E' una soluzione che risponde al tuo problema?