Non ho ben capito: la tua cartella di "Posta indesiderata" è la Inbox?
Se è così, cambiala immediatamente; se non è così, non ho ben capito la dinamica con cui ti si sono cancellati i messaggi.
Per il recupero, prova queste due cose:
1) installa
questa estensione e vedi se recuperi i messaggi persi;
2) se non funziona, clicca con il destro sulla Inbox, scegli "Proprietà" e poi ricostruisci l'indice.
Se nessuna delle due cose funziona, vediamo poi di seguire altre strade.
Quello che devi evitare di fare è compattare la cartella, perché potrebbe farti perdere tutto.