Boh, non capisco perchè le mail dell'account ti finiscano nelle smart folder., forse ha avuto problemi importando da Outlook
Visto che hai installato da zero, io creerei un nuovo profilo e riconfigurerei tutto da zero, magari usando Imap per gestire i due account GMail.
Poi con ImportExportTools puoi importare quelle mail che sono finite nelle smart folder.
Ciao