Giusto se in futuro può servire a qualcun altro.
Quando si verifica un problema come quello capitato a petit982 (cartelle locali doppie o altro account doppio in folders pane) se lo stesso problema è presente anche in safe-mode, rimane una sola possibile causa: il file prefs.js.
Nel caso di petit982 sarebbe bastato andare a vedere quale id TB aveva assegnato a "cartelle locali". Basta che da Opzioni si apra il file di configurazione e si digiti "local folders" nella barra di ricerca: verranno visualizzate alcune righe tra cui una del tipo mail.server.serverX.name.
Quindi sappiamo che serverX è l'id con cui TB identifica le cartelle locali (per sempio potrebbe essere mail.server.server5.name). Se cartelle locali è doppia, vuol dire che nel file prefs.js. ci sono 2 righe di questo tipo (aprendo il file con un editor e facendo MOLTA attenzione):
user_pref("mail.account.accountY.server", "server5");
user_pref("mail.account.accountZ.server", "server5");
dove Y,Z sono numeri: per risolvere basta cancellare una delle 2 righe dal file.
Ciao.