Anch'io ho lo stesso problema, ho cercato la stringa "mail.emptyTrash.dontAskAgain" nell'Editor di configurazione, ma sia su "true" che su "false" mi dà sempre lo stesso risultato: non chiede conferma dello svuotamento.
Ho provato, naturalmente, a chiudere e riaprire Thunderbird ogni volta.
Ho letto che ora l'opzione dovrebbe anche essere nelle impostazioni, ma non l'ho trovata.
Un aiuto cortese? Grazie!