Mi sono incuriosito leggendo questa discussione e ho provato a fare una ricerca, l'unica cosa che ho trovato è questa spiegazione (ma nessuna soluzione):
msgFilterRules.dat is a file used to store the message filters for an account. Typically if there is a problem writing to a file Thunderbird creates a duplicate with a numeric suffix.
Il file
msgFilterRules.dat si trova nella cartella Mail del profilo e di solito ce n'è uno solo per ogni specifico account (ad esempio cartella Mail > per il mio account Libero clic sulla cartella "popmail.libero.it" e lì trovo il file. Libero è l'unico account per il quale ho creato dei filtri e il file pesa 2 kb. Negli altri account Gmail, Yahoo, ecc. (niente filtri) il peso è sempre di 25 byte.
So che la cosa non è di grande utilità ma almeno abbiamo capito che (forse) potrebbe trattarsi di un problema di scrittura con il file
msgFilterRules.dat dell'account di @eustachio.